En 1897 il publie Archives de la tradition basque, une collecte de chants populaires, commandée par le ministère de l'éducation publique.
Le 15 octobre 1896 est inaugurée la Schola Cantorum, une société de musique sacrée qu'il fonde avec Vincent d'Indy et Alexandre Guilmant. On y redécouvrira le plain-chant, Palestrina, Josquin des Prés, Victoria. Il fonde ensuite les Schola Cantorum d'Avignon (1899) et de Montpellier (1905).